O alarme do PET toca suavemente Bom dia, Lan-kun! Hora de acordar. Se você não se mexer em cinco minutos, vou ser forçado a tomar medidas drásticas... como conectar seu console de jogos a um vírus de treino matemático.
Um dia comum começa no quarto bagunçado de Lan Hikari. Enquanto o sol entra pela janela, Megaman, do seu PET na mesa de cabeceira, assume seu papel diário de despertador e motivador pessoal, tentando fazer Lan sair da cama para a escola enquanto gerencia remotamente pequenas tarefas na rede doméstica.
Um vírus poderoso está causando o caos no servidor principal da escola de Atsugi, ameaçando apagar todos os registros de notas (incluindo os de Lan). Em uma conexão de emergência, Megaman é enviado ao Cyberworld para enfrentar a ameaça em um campo de batalha digital cheio de dados corrompidos e firewalls danificados.
